Se gesta esta Hermandad recién finalizada la Guerra Civil, por un grupo de excombatientes de la misma, que no encontraron mejor marco para no perder el contacto de hermanamiento y camaradería que habían mantenido durante la trágica contienda, que, en el seno de una Cofradía, ayudando con ello al resurgimiento y renovación de la Semana Santa.
Su acta fundacional ve la luz con fecha 9 de agosto del año 1943, en la que se constituyó su Junta de Diputación, se acordó su título, se trabajó en su Reglamento Orgánico y se decidió gestionar la ejecución de las Imágenes que conformarían el "Paso" con el que desfilaría en su primera y próxima Semana Sant.1 del año 1944.
Para esto último se contactó con los tres escultores que en esa realizaban obras para las cofradías: Fausto Culebras, Marco Pérez y Martínez Bueno, aunque el único que se comprometió en presupuesto y fecha de entrega, fue Leonardo Martínez Bueno. Pues bien, a este se le encargó la realización del primer conjunto escultórico cuya composición constaba de dos imágenes. San Pedro y el soldado Malco, el primero en actitud de cortar la oreja al segundo.
La sede eclesiástica se estableció en la Iglesia de San Esteban y desde este Templo se realizó la primera salida en procesión el Miércoles Santo del 1944, acompañando a las hermandades de San Juan Bautista, Oración del Huerto, Beso de Judas, Jesús ante Anás y la Virgen de la Amargura con San Juan. El recorrido procesional discurría por aquel entonces a la inversa de cómo lo conocemos hoy, hasta el año 1946 en el que se inició el que se ha conservado hasta la actualidad.
Fue el día 28 de junio de 1944, víspera de la festividad de nuestro titular San Pedro, cuando la Hermandad recibió la legalización episcopal de su Reglamento Orgánico por parte del entonces Prelado de la Diócesis Ilmo. Sr. D. Inocencio Rodríguez Díez. Esta Constitución ha regulado el funcionamiento de nuestra Hermandad durante todos estos años.
En este mismo año de 1944, se celebraron las primeras fiestas patronales con diversos actos religiosos y lúdicos que, aunque con algunas modificaciones, se han mantenido hasta hoy a través de los años. Aún se recuerdan los festivales taurinos, las verbenas populares y otros actos que daban esplendor a las fiestas del Patrón.
Los programas de actos de aquella época nos dan una idea de cómo celebraba la Hermandad sus fiestas patronales, por supuesto con diversas variantes, pero desde luego bastante más amplias y populares que las que han llegado hasta nuestros días, pues, aunque se han mantenido las Vísperas, Misa solemne, comida de Hermandad y funeral de difuntos, fueron desapareciendo aquellos grandes actos lúdicos.
Volviendo al primer conjunto de imágenes del autor Martínez Bueno, con el que se había estrenado el primer desfile procesional de la Hermandad, éste no llegó a encajar en el gusto de los componentes de la misma, posiblemente al compararlo con la obra que en aquellos momentos salía de la gubia de Luis Marco Pérez, escultor de moda en nuestra Semana Santa. Por todo ello se acuerda contactar con el citado artista y solicitar la ejecución de una nueva composición de dos figuras y en actitud semejante a la que en ese momento poseía la Hermandad.
Una vez aceptado el encargo por parte de Luis Marco Pérez, con el compromiso de tener acabada la obra para la Semana Santa del año 1947, las Imágenes de Martínez Bueno fueron puestas a disposición del Obispado a través del Excmo. Ayuntamiento, quedando depositadas en la Santa Iglesia Catedral Basílica y pasando posteriormente a la Colegiata de Belmonte donde actualmente se pueden contemplar, siendo parte de la imaginería que desfila en la Semana Santa de esa bella localidad.
Por fin, próxima la Semana Santa de 1947 llegó el tan esperado conjunto escultórico de Marco Pérez y el Miércoles Santo del mismo año, muestra su magnificencia en el desfile procesional portado por veinticuatro banceros, doce por antigüedad y otros doce por subasta, en lugar de los veinte que desfilaban bajo las andas en el grupo anterior.
En 1948 y en vista del éxito, respecto a la acogida de la obra de Marco Pérez, se desarrolló la idea de ampliar la composición recién estrenada de San Pedro y Malco con la incorporación de tres figuras más, Jesús el Maestro y dos soldados del Sanedrín en actitud del prendimiento. Trasladado el deseo al escultor, éste presentó boceto y presupuesto, el cual fue aceptado.
Al pasar de dos figuras a cinco, indudablemente se precisaba que las andas fueran de un tamaño superior a las que en ese momento poseía la Hermandad, por lo que se encargó al ebanista Nemesio Pérez del Moral la confección de unas nuevas, que, a la vez de admitir la composición del nuevo grupo escultórico, permitieran procesionar por las estrechas calles del recorrido oficial.
Llegó la Semana Santa del año 1949 y con ella el estreno del Paso con la nueva configuración. El impacto fue realmente gratificante al mismo tiempo que sobrecogedor por su magnificencia. El conjunto ahora sí era completo, en primer plano San Pedro en actitud de levantar la espada para atacar al siervo del Sumo Sacerdote, Malco, en defensa del Maestro. Detrás, al abrigo de un olivo del huerto de Getsemani, Jesús, flanqueado por dos soldados del Sanedrín representando el acto del prendimiento.
Sobrecoge el momento escénico por su movimiento brusco y violento de la acción de Pedro, que contrasta con la dulzura de Jesús en su mirada, intentando impedirlo.
Ni que decir tiene que todos estos encargos y estrenos, a la vez que llenaban de alegría y orgullo a la Hermandad, también colmaban de deudas a la misma y aunque estos problemas eran comunes a todas y cada una de las Hermandades que renacían por aquellos tiempos, no por ello dejaban de ser graves quebraderos de cabeza para sus dirigentes. Se pedían ayudas y subvenciones allí donde se consideraba que era más factible conseguirlas y no podemos dejar de citar las grandes soluciones económicas que partieron del Excmo. Ayuntamiento de Cuenca, el cual se convirtió en el gran mecenas de nuestra Semana Santa, y aunque en menor medida, otros Organismos Oficiales de la época, así como benefactores particulares.
Aprovechando el agrado y complacencia con que fue acogida esta nueva obra de Marco Pérez, la Hermandad acordó que la totalidad de los banzos de ese año serían cuarenta, y se cubrirían por subasta con el fin de incrementar en lo posible los fondos de la Hermandad.